Es lo que tiene ser la lideresa de la Sección 9. Ni siquiera el gigantesco Batou, del que todos se apartan a su paso, puede igualarla en un combate cuerpo a cuerpo. Tampoco el frío francotirador Saito es rival para ella.
La "mayor" Motoko Kusanagi sufrió un grave accidente en su infancia que obligó a sustituir todo su cuerpo por prótesis. Para Motoko su cuerpo es, en consecuencia, un complemento prescindible y sustituible. Habitualmente utiliza un exuberante cuerpo femenino del que Batou (con quien Motoko mantiene una atracción sexual no resuelta) opina que debería prescindir para sustituirlo por un cuerpo masculino y ganar, así, mayor potencia de combate. Motoko, además, suele vestir de una forma tan provocativa que el carismático jefe Aramaki no puede evitar hacer algún comentario sarcástico al respecto.
Motoko no tiene dudas sobre su sexualidad (lo mismo le da acostarse con hombres que con mujeres) ni sobre su género (no le importa, ocasionalmente, adoptar roles masculinos o, incluso, utilizar cuerpos masculinos). Sus dudas ontológicas se refieren a su propia humanidad: Motoko tiene dudas sobre hasta que punto ella es un ser humano, una máquina o un híbrido de ambos. Cuando Motoko desaparece es Batou quien comienza a tener esas mismas dudas.
Motoko y Batou viven en un futuro próximo, en una sociedad que ha dejado de hacerse preguntas inútiles, donde cada persona decide sobre su propia naturaleza y a nadie le importa las preferencias sexuales de los demás. Es un mundo, hoy por hoy, de ciencia ficción.